首先，为什么要申请商品条形码？每一件商品都需要一个唯一的标识码，这样才能保证商品信息的准确性和流通的顺畅性。这个标识码就是商品条形码，一般采用国际通用的EAN-13编码，一共有13位数字组成，其中前三位是国家码，接着是厂商码，最后是商品码。如果你作为商家想要在各个销售渠道中销售商品，就需要为每个商品申请一个独立的条形码。

那么，商品条形码具体该在哪个部门申请呢？在我国，商品条形码的管理属于国家质量监督检验检疫总局的职责范围。具体来说，申请商品条形码主要有以下几种方式：

一是通过商业合作机构申请条形码。这种方式适用于大型超市、商场等商业机构，一般会向商业合作机构申请条形码，这些机构会负责为商家分配条形码。这种方式的优点是快捷方便，缺点是申请费用相对较高，而且商业合作机构并不会保存申请的商品信息，需要商家自行保存。

二是通过向国家质量监督检验检疫总局申请。商家也可以向国家质量监督检验检疫总局申请条形码，这种方式一般适用于小型企业。申请时需要填写相关表格和提供相关证明文件，审核合格后即可分配条形码。这种方式的优点是费用较低，条形码的分配也相对稳定，缺点是申请时间较长，需要等待审批结果。

三是通过向第三方条码申请机构申请。除了国家质量监督检验检疫总局和商业合作机构外，近年来还涌现了很多第三方条码申请机构。这些机构一般提供相对便捷的条形码申请服务，申请流程简单快捷，费用也相对较低。但需要注意的是，一些第三方机构的申请流程并不标准，需要商家谨慎选择。

综上所述，商家申请商品条形码可以直接向国家质量监督检验检疫总局申请，也可以通过商业合作机构或第三方条码申请机构进行申请。具体方式取决于商家的特定情况和需求，需要结合实际情况选择合适的方式。最后提醒商家，申请条形码的过程需要准备相关材料和缴纳相关费用，需要提前了解和准备，以避免耽误业务进展。